Prince of Persia: The Two Thrones перенесёт вас в знойный Вавилон, родину главного героя. Город превратился в осаждённое пепелище и больше не может радовать глаз – от бывшего величия местами остались только руины, громоздятся баррикады и горы трупов. А стоит за всем этим загадочный желтокрылый Ангел, который немедленно атаковал героя и похитил его спутницу.
Сам Принц также претерпел несколько изменений, став брутальнее и злее. Но всё это не только следствие полученного в странствиях опыта. Принц заполучил загадочный «песчаный вирус», который вызывает галлюцинации и может захватывать власть над телом – в этом состоянии Принц превращается в темнокожую машину убийств, с циничным юмором и замашками матёрого садиста. Разделаться с Ангелом, который считает себя нынешним хозяином города и поработил оставшихся жителей будет непросто, но Принцу помогут некоторые старые знакомые, например меткая лучница Фара, которая будет сопровождать его, ловко разбираясь с ловушками, врагами и помогая решать головоломки.