Игра полностью сохранила все «плюшки» от первой части, однако, обзавелась некоторыми новыми полезными элементами, которые пришлись настолько впору, что сейчас уже трудно представить, что в I части МК это было иначе.
Итак, после позорного провала на турнире Смертельной битвы император Шао Кан стремится разделаться с опозорившим его Шан Тсунгом (главный босс первой части МК). Однако тот уговаривает императора провести следующий турнир на территории Внешнего Мира. Согласно правилам, земляне не могут отказаться. Поражение бойцов Земли во Внешнем Мире будет означать захват душ всех землян императором Шао Каном.
Арсенал приёмов всех бойцов расширился несколькими простыми ударами, Удар стоя с разворота (вертушка) теперь отбрасывает противника назад, а апперкот (удар вверх из положения сидя) подбрасывает противника в воздух. Добавилось несколько новых Fatality, а также новый режим Babality и Friendship. В файтинг были добавлены Sub Zero, Baraka, Jax, Kitana, Kung Lao и Melena, зато убраны некоторые другие бойцы. В качестве боссов победить придётся не только Шан Тсунга, но ещё и улучшенную модель Goro – Kintaro, а также императора Шао Кана.