Europa Universalis 3: In Nomine представляет собой второе по счету контентное расширение для популярной игры, добавляющее в список территорий Византийскую империю.
Помимо нововведений в области контента, Europa Universalis 3 приобрела несколько концептуальных игровых дополнений, определенным образом влияющих на геймплей. Речь идет о религиозной системе, настройки которой были пересмотрены разработчиками. Теперь полностью упразднены ползунки толерантности, а данный показатель будет зависеть от выраженности национальной идеи, а также от принятых решений в сфере религии. Папы значительно расширили свои полномочия и теперь могут призывать к началу крестового похода.
Создатели Europa Universalis 3: In Nomine также изменили систему миссий. Теперь миссии могут быть историческими, как например захват территорий Ирландии англичанами, так и обобщенными, по типу возведения университета в столице Великобритании. За выполнение каждого задания положена награда.
Помимо прочего, игровые изменения коснулись системы решений и контроля наций, колониальных отношений и колониального налогообложения, а также некоторых элементов экономики: ценность потребительских товаров в военное время и влияние географических особенностей на товарооборот.